Los indígenas Tahamíes se localizaban en territorio de Guarne, también lo Caribes que llegaron al oriente por el rió Nare.
En 1640 el capitán Fernando de Toro Zapata y Diego Beltrán llegaron a Guarne a Explotar el oro, los primeros pobladores fueron sus esclavos. Todo el territorio de este municipio está ubicado en tierra fría, la cual, desde que se abandonó la minería, se ha utilizado para la agricultura con productos como fríjol, maíz y arracacha.
Durante mucho tiempo aquí hubo un gran apogeo del fique, una industria que ha ido decreciendo en las últimas décadas con la utilización de fibras sintéticas. Su nombre se deriva del nombre de un cacique del valle de la Mosca, proveniente de la tribu guarne que pobló los territorios del actual departamento de Santander. Fuera del nombre de Guarne, el pueblo llevó el nombre de Elida de 1814 a 1816 por decreto del gobernador Dionisio tejada. El, como hombre erudito bautizó así al municipio de guarne por tener éste clima saludable, tonificante y suave, semejante a la Elida griega, ubicada en el Peloponeso.
